Visų skenuojančių zondinių mikroskopų (SZM) veikimo principas – paviršiaus skenavimas plonu zondu, kuris tam tikru būdu (priklausomai nuo mikroskopo tipo) sąveikauja su paviršiumi. SZM leidžia stebėti trimačius vaizdus plačiame diapazone, apimančiame tradicines optinio ir elektroninio mikroskopų veikimo sritis. AJM (atominių jėgų mikroskopo) veikimas pagrįstas atominių ryšio jėgų veikimu tarp paviršiaus ir zondo smaigalio atomų. Šiuo metodu yra galimybė mikro-, nano- metriniame lygmenyje įvertinti ir aprašyti matematiniais statistiniais parametrais paviršiaus morfologiją bei atlikti lateralinių, elektrinių, Kelvino jėgų mikroskopiją, vaizdinimą, įvertinti lokalias mechanines savybes, atlikti nanotechnologinius procesus.